由于少正卯被扣上了“乱政”的大帽子，所以在正史中，孔子诛杀少正卯，多受到正面评价。

韩婴的《韩婴内传》：“孔子为鲁司寇时，诛少正卯。谓佞道已行，乱国政也。”

司马迁的《孔子世家》亦认为，孔子诛杀少正卯是因为其“乱政”，完全是为鲁国的政治稳定考虑。为此，还用后来的鲁国大治为其背书站台：孔子执政三月，商贾不欺童叟，男女分路而行。路不拾遗。四方之客，宾至如归。齐国恐怕鲁国称霸，甚至考虑把土地送给鲁国以求和好。（“与闻国政三月，粥羔豚者弗饰贾，男女行者别于涂。涂不拾遗。四方之客至乎邑者不求有司，皆予之以归。”）值得省察的是，“与闻”二字，颇有些道听途说的意味。何况鲁国天下太平，亦非真太平和长太平。

一国的体制，因有强权和司法威慑，十分稳固，并非一两人的不服从，不尊崇，以至于公开批评就能动摇。之所以“乱了政”，直至分崩离析，改朝换代，皆因制度本身和执政者自身出了大问题。与执政者孔子有关，与言政者少正卯无涉。

有史家就认为，孔丘“诛杀”少正卯，虽然取得暂时的“鲁国大治”，结果反倒是鲁国不得不迫使其离开。近代思想家、国学大师，也是鲁迅之师的章太炎，在《诸子学略说》也写道：“借令其书早出，则老子必不免于杀身，如少正卯在鲁，与孔子并，孔子之门，三盈三虚，犹以争名致戮，而况老子之陵驾其上者乎！”（见1906年《国粹学报》第二年第四册）竟然使老子也待不下，迫不得已“出关”而去。足见，诛杀少正卯的威慑力颇令人惊惧。

可悲的正是，中国历史上，被“少正卯”之名，被“少正卯之诛”的显非一人，而是一群人。何也？明朝文学家、思想家、戏曲家冯梦龙曾评曰：孔子下狠手，不但为一时辩言乱政故，盖为后世以学术杀人者立防。

被胡适誉为“中国思想界的清道夫”的吴虞，说得更是一针见血：中国专制有两大根源，也是祸源，前者君主专制钳制言论，以秦始皇“焚书坑儒”为顶峰；后者教主专制禁锢思想，以孔子“诛少正卯”为滥觞。不幸，被他所言中。

汉文帝刘恒就觉得杀得好，遵照其圣意，一大批博士（官名）把孔子的教诲直接写进了《王制》，成了定罪的正式法律条文：“行伪而坚、言伪而辩、学非而博、顺非而泽以疑众，杀。”

到了西汉第七位皇帝汉武帝刘彻时，甚至发生了大司农（九卿之一，分管农业经济）颜异因“腹诽”被杀的特大冤案。

魏晋之际，钟会劝司马昭杀嵇康，其罪名即是言论放荡、诋毁经典、祸害时局、扰乱名教，帝王不应该容忍。结果嵇康被诛于市。

到了北宋，政敌之间互殴，更常常互相指责对方是“少正卯”：何郯弹劾夏竦，欧阳修、刘敞等弹劾刘昌期，李定弹劾苏轼，苏辙等弹劾吕惠卿，不是引用“学非而博”“行伪而坚”“言伪而辩”的罪名，就是直指对方是“异端害道”“鲁之少正卯”，要求按此先例诛杀。

苏轼对此曾有过一段调侃，言载《东坡志林》：“孔子为鲁国司寇七日而诛少正卯，或以为太速。此叟盖自知其头方而命薄，必不久在相位，故汲汲及其未去发之。使更迟疑两三日，已为少正卯所图矣。”即便少正卯有所图，其实只不过多得几个孔门的弟子而已。

可以说，一部封建专制史，就是一部围猎思想排斥异端冤杀无辜的罪恶史，血腥史，厚黑史，罄竹难书。